不同的消毒方式，其注意事项也是有所差别的。在选用高温高压蒸汽物理方法进行外科手术器械消毒时，如果采用环氧乙烷消毒灭菌时，器械应保持干燥，表面不能有水滴或粘贴物，以免影响灭菌效果，电动类器械可用蘸了多酶清洗剂的软纱布擦拭，也可用软刷子，避免损伤手术器械。

在采用化学方法进行消毒灭菌时，注意不要把器械浸入生理盐水，暴露接触引起锈蚀，不能把器械浸⼊⽣理盐⽔中，因为与⽣理盐水暴露接触会引起点蚀和锈蚀，使用多酶清洗剂浸泡时，必须严格按照使用说明书规定的浓度和浸泡时间进行操作，多酶清洗剂使用必须“一洗一换”，防止因污染物的积累降低清洗效果，增加交叉感染几率。每天定期更换新鲜的消毒液，同时消毒非不锈钢器械时，注意检查材料是否适应所使用的消毒液，以免损坏器械。

此外，在消毒时应注意防止碰撞冲击，因为冲撞撞击会损伤器械表面的镀铬层或钝化膜，降低器械的耐腐蚀能力。碰撞冲击可能会导致精细器械和有刃口的器械受到损坏。对于刃口类的器械如剪刀、骨凿、钻头、刮匙等手术器械，应存放在专门的容器内或盛放在合适的装置里单独处理，避免刃口受到损伤。