每次吸完烟之后，烟斗都必须进行必要的清理，这样才能保证下次使用它吸烟时，不至于有残余烟油、炭灰等影响吸烟的质量和烟草的味道。烟斗每使用一次之后，都必须清理。清理烟斗时，要按照一定的程序和步骤，按部就班地进行：

1、吸完烟后，先将烟斗搁置在烟斗架上，待烟斗冷却超过十二小时，绝对禁止在烟斗还是热的，或者温的时候来插拔烟嘴。

2、待烟斗完全冷却之后，用三合一工具中的小勺将烟斗内残留的烟灰和没有完全燃烧的烟草轻轻挖出，注意不要损伤炭饼，千万不要磕打烟斗，这样容易造成斗口受损，甚至斗柄开裂。

3、清理完烟灰和烟草残渣之后，将烟嘴从斗柄上拧下，注意拧的时候要按照一个固定的方向旋转，不可来回、反复，否则会造成榫和口柄接口处松动，漏气。

4、拆开烟斗之后，用专用的棉质通条蘸上烟斗专用清洁液，疏通清理烟嘴和斗柄，直至斗钵底部的开孔处，然后换用于燥洁净的新通条，多次重复以上步骤，直至完全去除了焦油、唾液和清洁液之残存；用洁净吸水的软纸或者医用棉、纱布等，蘸清洁液，擦拭榫口及金属滤芯。

5、更换木质或者纸质、活性炭滤芯。

6、烟斗清理完毕后，不要立刻将烟嘴插回斗柄，因为烟斗拆开后，经过清洁液清理的榫口会有些许的膨胀，此时插入，会造成变形，甚至斗柄开裂，一定要等到完全干燥后再组装起来。