水冷散热系统利用泵使散热管中的冷却液循环并进行散热，具有良好的散热效果，噪音低，因此在现在的台式电脑上应用广泛。一般水冷散热器的结构包括以下几个部件：

1、水冷块

水冷块是一个内部留有水道的金属块，由铜或铝制成，与CPU接触并将吸收CPU的热量。

2、循环液

循环液由水泵的作用在循环的管路中流动，从而吸收大量的热量。

3、水泵

水泵的作用是推动循环液流动，这样吸收了CPU热量的液体就会从CPU上的水冷块中流出，而新的低温的循环液将继续吸收CPU的热量。

4、水管

水管连接水泵、水冷块和水箱，其作用是让循环液在一个密闭的通道中循环流动而不外漏，这样才能让液冷散热系统正常工作。

5、水箱

水箱用来存储循环液，回流的循环液在这里释放掉CPU的热量，低温的循环液重新流入管道，如果CPU的发热功率较小，利用水箱内存储的大容量的循环液就能保证循环液温度不会有明显的上升。

6、水冷排

CPU功率较大的话，一般还会增加换热器，通常采用的是水冷排，常见的水冷排一般是采用12条扁铜管设计的，扁铜管再把热量传递给焊接在扁铜管之间的波浪形散热鳍片，最后由风扇把散热鳍片上的热量吹到空气中。