1、标准不同

复合肥和水溶肥执行标准不同，复合肥执行标准为GB/T15063-2020的国家标准，大量元素水溶肥执行的标准是NY/1107-2020的农业标准。

2、原材料不同

生产复合肥一般采取原材料为尿素，氯化铵、硫酸铵、过磷酸钙、硫酸钾、氯化钾等等。而生产水溶肥主要采取的原料为磷酸二氢钾、硝酸钾、工业级的磷酸一铵等原料，原料不同，吸收利用率自然不一样。

3、剂型不同

复合肥是由化学方法或者混合方法制成，比如氨化造粒、滚筒造粒、喷浆造粒或者是高塔造粒等颗粒剂型。水溶肥是能全溶于水的多元肥料，形态分为固体和液体两种。

4、作用不同

复合肥主要以氮磷钾为主，配方营养相对单一，且大部分无法全溶于水，吸收利用率相对来说比较低，所以复合肥更适合作为底肥使用。水溶肥见效快，吸收利用率高，是普通复合肥的2-3倍，在经济作物追肥更适合。

5、价格不同

因为采用原料不同，价格也有很大区别，一般同品牌同样营养成分的肥料，复合肥价格要低于水溶肥。